A sua missão assenta nos seguintes objectivos:
- garantir a salvaguarda e divulgação das colecções à sua guarda, tendo em vista a melhoria contínua da oferta e captação e fidelização de públicos;
- promover e apoiar a investigação e a produção de conhecimento sobre as colecções do Museu, através dos recursos próprios e em parceria com Universidades e entidades terceiras;
- promover boas práticas e procedimentos museológicos, contribuir para a sua divulgação junto de entidades terceiras e para a afirmação do Museu, como agente de desenvolvimento cultural e social da comunidade em que se insere;
- estabelecer, através de parcerias e relações institucionais com os agentes socio-económicos, um desenvolvimento sustentado e a captação de novas fontes de financiamento.