Este movimento em prol da defesa dos valores patrimoniais, cujos alvores se situaram na época renascentista, teve algumas repercussões ao longo dos três séculos seguintes, embora com um carácter isolado e sem grandes consequências práticas, ao nível da criação de um organismo de natureza museológica que tomasse a seu cargo a defesa dos achados arqueológicos, dispersos pela cidade. Na verdade, em 1899, Albano Bellino logrou instalar o seu museu particular, numa loja do então Paço Arquiepiscopal chegando a constituir um núcleo de arqueologia significativo, mercê de aquisições e ofertas de particulares e da própria Câmara, mas, poucos anos mais tarde, após a sua morte (1906), este espólio foi doado à Sociedade Martins Sarmento, em Guimarães.

Só já no início do século XX (mais exactamente em 1918), com o advento da República e no âmbito de uma política de protecção patrimonial e de renovação museológica foi criado o Museu D. Diogo de Sousa, então a cargo da Câmara Municipal de Braga, a quem competia suportar os encargos decorrentes do funcionamento desta instituição, então instalada no Paço Arquiepiscopal.

Mercê de uma série de circunstâncias adversas que rodearam a sua criação – exiguidade das instalações, falta de apoio material do Governo, desmantelamento do espólio e a precariedade do quadro de pessoal (um director e um guarda) – o museu não conseguiu impor uma política cultural, nem mesmo um funcionamento regular, mantendo-se em estado de quase letargia até 1980.

Nessa altura foi então revitalizado, como Museu Regional de Arqueologia, dependente da administração central, ou seja, com uma natureza e objectivos específicos, claramente centrados em torno da actividade arqueológica. Esta reformulação de conteúdo e objectivos esteve intimamente ligada à expansão urbana acentuada que se registou em Braga, em meados da década de sessenta e que conduziu ao aparecimento dos vestígios da ocupação romana nesta cidade. Graças à acção conjugada da Universidade do Minho e da Comissão de Defesa e Estudo do Património (CODEP) foi então criado o Campo Arqueológico de Braga e naturalmente, acabou por se impor como uma necessidade premente, dotar o Museu de um quadro de pessoal técnico e condições materiais capazes de fazer face à preservação desse significativo património que começou então a ser posto a descoberto.